Từ khi lên làm Hoàng Thái đệ, Tư Mã Dĩnh sinh kiêu căng, bị dân chúng bất mãn. Năm Vĩnh An thứ nhất (304), Tư Mã Việt tức giận cùng tướng Trần Mạch mang quân đánh Dĩnh. Dĩnh thua chạy về Nghiệp Thành. Việt phục ngôi cho Dương Hậu và Thái tử. Sau đó, Tư Mã Việt ép Tấn Huệ đế phong mình làm đại đô đốc, đưa Huệ đế Việt thân chinh cùng đánh Nghiệp Thành để tận diệt Tư Mã Dĩnh. Tuy nhiên do chủ quan, tưởng quân Dĩnh tan rã, nên bị Dĩnh đánh úp, thua chạy tơi tả, còn Tấn Huệ đế bị Thạch Siêu bắt đem về Nghiệp Thành.

Tư Mã Việt thua trận trốn sang Hạ Bi, nhờ Từ châu đô đốc, Đông Bình vương Tư Mã Mậu nhưng Mậu không chịu tiếp nên ông phải chạy về đất phong của mình là quận Đông Hải. Cùng năm đó, thái tể Tư Mã Ngung ép Tấn Huệ đế phong Tư Mã Việt làm thái phó, cùng mình phụ chính nhưng ông không nhận.

Trong khi đó, phe Tư Mã Dĩnh thấy Dĩnh bị truất ngôi Hoàng thái đệ, bộ tướng Công Sư Phiên cũng khởi binh làm loạn. Tư Mã Việt sai Tuân Hi đi đánh không dẹp được. Cùng lúc đó, ông lôi kéo được Lưu Dư, lại muốn tận dụng binh lực của Thứ sử Dự Châu Lưu Kiều nhưng Kiều không nghe lệnh, chống lại Việt và theo phe Ngung.

Nghe tin Trương Phường ép Tấn Huệ đế dời đô Trường An, Trung úy Đông Hải là Lưu Hiệp khuyên Tư Mã Việt phát binh. Tư Mã Việt bèn phong Lưu Hiệp làm Tả Tư mã, Tào Phức làm Quân ty chuẩn bị khởi binh. Ông tự xưng là Đô đốc Từ châu, dời Tư Mã Mậu làm Thứ sử Duyễn châu. Sau đó, ông mời Đô đốc U Châu Vương Tuấn và Thứ sử Kinh Châu Tư Mã Đằng mang quân đánh Tư Mã Dĩnh. Hà Gian vương Tư Mã Ngung ép Huệ đế hạ chiếu giáng chức Tư Mã Việt, triệu về đất phong. Tư Mã Việt đành phải nghe lệnh, đem 3 vạn tướng sĩ về Tiểu Huyền. Thứ sử Dự Châu là Lưu Kiều sai con là Lưu Hưu đem quân đánh Tư Mã Việt. Tư Mã Việt thất bại. Tuy nhiên sau đó PHạm Dương vương Tư Mã Hao cùng đô đốc Điền Huy nghênh tiếp ông. Được sự giúp đỡ của Tư Mã Hao, Tư Mã Việt đem quân tấn công Tư Mã Ngung (lúc này đã nắm được quyền chính). Tư Mã Ngung bèn giết chết Vương Phương để tạ tội với Tư Mã Việt, nhưng bị ông cự tuyệt, ép phải trả lại Tấn Huệ đế

Năm 306, Tư Mã Việt sai tướng quân ở Sơn Đông là Kì Hoằng đem quân vào Trường An, đưa Tấn Huệ đế về Lạc Dương.